《“十三五”环境领域科技创新专项规划》旨在持续加大科技对生态文明建设的支撑力度，强化科技创新促进生态环境质量持续改善。
规划还提出十二项具体发展目标，其中大气污染防治方面，深化大气污染的成因及其健康影响研究，突破大气污染监控、质量管理领域核心技术，构建我国区域雾霾和光化学烟雾防治技术体系，形成解决我国大气复合污染问题的综合技术方案。水污染防治方面，加强水处理与资源化、流域水生态管理领域基础研究，建立低耗与高值利用的水污染综合防控与修复、基于标准与效应协同控制的饮用水净化、流域水生态智慧管理等成套技术，形成构建区域低耗处理与健康循环水环境系统的综合技术方案。土壤污染防治方面，深化土壤污染过程、生态与健康效应、联合修复机制研究，建立融“监测-预警-防控-修复”于一体的成套技术体系，推动修复技术应用工程化与材料设备标准化建设，形成我国分类防治土壤污染的综合技术方案。废物控制与循环利用方面，开展固体废弃物源头减量、过程控制、共生利用、管理决策全链条系统研究，厘清固废来源、特性及分类，构建适应我国固废特征的源头减量与循环利用技术体系及管理决策支撑体系，加快建立垃圾分类处理系统，形成可复制、可推广、可考核的整体化解决方案。
专项规划还提出重点开展12项任务，包括大气污染成因与综合控制、水环境质量改善与生态修复、土壤污染防治与安全保障、退化生态环境恢复与生态安全调控、废物综合管控与绿色循环利用、化学品风险控制与环境健康、环境国际公约履约、核与辐射安全监管、环境基准与标准体系建设、重点区域生态环境综合治理、创新基地建设与人才培养、国际合作网络构建等。